Первый флот Альянса - в момент вторжения Жнецов в Солнечную систему Первый флот находился у ретранслятора "Харон". Когда адмирал Хакет скомандовал отступать, от флота — бывшего самым большим в Альянсе — осталась лишь половина. Адмирал Инес Линдхольм приняла непростое решение пожертвовать десятой частью оставшихся кораблей, чтобы прикрыть отступление. Манёвр сработал, Первый флот отступил через ретранслятор, чтобы присоединиться к остальным силам Альянса. Этот флот потерял треть своих кораблей, защищая Совет во время битвы за Цитадель два года назад. К сожалению, у Альянса не было времени, чтобы восстановить силу своего флота до появления Жнецов.

Третий флот Альянса - размещенный у Арктура, возглавляет адмирал Нитеш Сингх. Когда к станции подступили Жнецы, Сингх уже вывел флагманский корабль "Логан" на дистанцию выстрела из ускорителей массы. Орудия дредноута сумели остановить разрушителя, не дав ему уничтожить Третий флот, но перед лицом превосходящих сил Жнецов Сингху пришлось отступить.

Пятый флот Альянса - прославился по всей галактике после того как возглавил силы Альянса в сражении за Цитадель. Совсем недавно он оборонял станцию Арктур от Жнецов. После битвы без надежды на победу адмирал Хаккетт отдал приказ об отступлении, пожертвовав всем Вторым флотом, чтобы Третий и Пятый могли спастись. Инженеры Пятого флота спешно ведут ремонт повреждённых кораблей. Все ожидают возвращения на Землю и ответного удара по Жнецам. Этот флот потерял треть своих кораблей, защищая Совет во время битвы за Цитадель два года назад. К сожалению, у Альянса не было времени, чтобы восстановить силу своего флота до появления Жнецов.

Шестой флот Альянса - находился в космическом пространстве Совета, когда началось вторжение на Землю. Мужчины и женщины на его борту беспомощно смотрели видеотрансляцию. Последний приказ от адмирала Хаккетта предписывал избегать контакта с противником. После такого долгого ожидания шестой флот с нетерпением готовится вступить в бой.

Исследовательский флот Альянса - в мирное время Исследовательский флот Альянса разведывал новые звёздные системы. ИФА стал объектом критики в 2185-м году, когда несколько десятков служащих были обвинены в сокрытии данных о богатых месторождениях с целью продать их "Бариа Фронтирс". Альянс пытался замять скандал, но безуспешно. Постепенно была доказана причастность к делу большого числа офицеров. Для искупления вины ИФА целиком был приписан к проекту Горн.

Отряд спецназа N7 - во время войны со Жнецами невозможно сохранять нейтралитет. Силы Альянса принимают всех: солдат и наёмников, достаточно умных, сильных и быстрых, чтобы выжить. Опытные оперативники отрядами забрасываются на вражескую территорию, чтобы захватывать объекты, спасать мирных жителей, мешать Жнецам и "Церберу" любым образом. Сначала их возглавляли морпехи N7, поэтому отряды получили название спецназа N7. После многочисленных подвигов подразделения Альянс позволил широко использовать это название в рядах армии для поддержания воинского духа.

Поддержка Иден Прайм - это сельскохозяйственная планета, производящая миллионы тонн продуктов, которые экспортируются на менее плодородные планеты. Альянс наладил линии снабжения, по которым провиант отсюда доставляется его войскам. Колонисты Иден Прайм сумели прогнать "Цербер" из своей системы. Торговые пути работают нормально, колония экспортирует столько провизии и снаряжения, сколько может.

Благодаря решению Шепарда на Новерии три года назад оставить королеву рахни в живых, а так же благодаря союзу, заключенном с ней недавно Грюнтом, Балаком и Иссой'Гор вас Шала, рахни полностью приняли сторону народов галактики. Вовсе не являясь неразумными насекомыми, они разбираются в технике не хуже других народов. Несмотря на то, что поначалу их приняли настороженно, рабочие рахни оказались полезны при сооружении Горна. Особенно хорошо они справляются там, где нужна командная работа. Руководители проекта с каждым днём доверяют им всё более сложные задания. Кроме того, в свете последних событий, когда в месте строительства привезли "глаз" левиафанов, рахни считают своей прямой обязанностью оберегать своих союзников от гипнотизирующего влияния древнейших существ, чья гордыня привела к появлению циклов и созданию Жнецов.

Длительная охота за таинственным убийцей "Левиафана Дита" привела в глубины океана Деспойны, где Шепард встретился с уцелевшими представителями первой расы. Левиафаны создали Разум - искусственный интеллект, призванный решить проблему скоротечной гибели звезд, что связано с потреблением ретрансляторами темной энергии. Они видят в человечестве залог спасения, с одной стороны, ибо согласно расчетам Разума именно раса людей отличается удивительной генетической гибкостью и приспособляемостью, а значит, способностью нестандартно мыслить, что и поможет придумать выход. С другой стороны, непредсказуемость человечества дает повод считать их угрозой для левиафанов, которые желают рано или поздно вернуть былую власть над галактикой. Пока Горн строится, они согласны оберегать ученых и инженеров от Жнецов, однако что предпримут в дальнейшем - неизвестно. Тем не менее, договор между левиафанами и Хантером защитил расу людей от предполагаемого добровольно-принудительного жертвоприношения и, как следствие, полного исчезновения вида.

Выжившие остатки внегалактической расы зейофов пробуждены на планете Армени. Их осталось едва ли больше десятка из тысяч, однако эта миролюбивая раса готова и впредь помогать в войне против Жнецов. В их распоряжении изначальные чертежи Горна, в первозданном виде неприменимые в текущем цикле, знания об истинных причинах Жатвы, а так же фантомы - "безумные" сородичи, потерявшие стабильность от недостатка родного первовещества, что, кроме того, делает последних в буквальном смысле взрывоопасными - этакими живыми бомбами.

Независимое милитаризованное содружество под началом Эдварда Хантера, распространяющее свое влияние на Гамму Аида, целью которого является защита разумных существ от Жнецов и "Цербера". Покровителями и источником идеологии выступают Левиафаны.
Укрепив свои позиции в Гамме Аида, Протекторат поставил перед собой цель защитить разумные расы Млечного Пути от полнейшего истребления Жнецами и их прихвостнями, после чего начинается осуществление полномасштабных операций по ведению боевых действий, а так же операций по эвакуации колоний и родных миров.